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　　（Kyoto encyclopedia of genes and genomes, ）是体例理解基因效用、基因组音讯的数据库，它整合了基因组学、生物化学以及体例效用组学的音讯，有助于推敲者把基因及外达音讯动作一个全部汇集实行推敲。

　　KEGG供给的整合代谢途径盘查相当大凡，囊括碳水化合物、核苷酸、氨基酸等代谢及有机物的生物降解，不只供给了全盘或者的代谢途径，还对催化各步响应的酶实行了全体的外明，包蕴其氨基酸序列、到PDB数据库的链接等。KEGG数据库是实行生物体内代谢理解、代谢汇集理解等推敲的强有力器材之一。其整合了基因组、化学和体例效用音讯归纳性的数据库，由18个子数据库构成。如下图：可通过颜色实行分辨。

　　下面咱们以常用的KEGG PATHWAY为例，先容一下该数据库的基础用法。

　　遵循下图，能够看到KEGG PATHWAY首要包蕴代谢、遗传音讯惩罚、境遇音讯惩罚、细胞流程、生物体例、人类疾病和药物希望合系的分子互相效率、响应和干系汇集。

　　当咱们思检索某一类型或者参加某流程的通道时，咱们能够通过点击首页的KEGG PATHWAY进入种别页面，采用感趣味的某一种别进入。例，检索人类中合于细胞流程的通道，点击Cellular Processes。

　　能够看到众个与之合系的子通道。采用感趣味的点击进去查看周详音讯。这里咱们以04140 N Autophagy - animal为例，点击链接进入。

　　能够直接正在搜罗框内输入思要盘查的信号通道名称或者基因名称实行搜罗。咱们以基因TP53为例，点击首页的KEGG PATHWAY进入种别页面，采用种属“人”，正在输入框内输入基因名称“TP53”，点击search。前缀hsa是人类物种名称的缩写，至于怎么查找物种缩写？看下图：

　　如此能够就取得正在KEGG数据内人类的物种缩写为hsa。至于其它物种，形式是雷同的。

　　以第一个缩略图为例，咱们简直来看一下。通道图的框填充绿色（没有填充色的体现该物种没有该基因），通道中的框链接该物种对该当基因的音讯，但1个框体并不必然代外1个基因，有或者是众个基因家族，鼠标置于框上即可看到包蕴众个基因。

　　点击通道识别名hsa05220，则会显露该通道的简直合系音讯。囊括通道名称、描摹、分类、药物、简直囊括哪些基因、参考文献等。参考文献很厉重！当咱们初识一条通道时，理解它的最疾、最优形式即是通过KEGG查看该通道的参考文献，进而对其实行较全体的理解。

　　这里咱们点击hsa：7157，显露以下界面，以外格外面列出了该基因相合的周详音讯。下面咱们折柳先容一下简直包蕴的实质。

　　KEGG ORTHOLOGY（KO），它是卵白质（酶）的一个分类编制，序列高度好似，而且正在统一条通道上有好似效用的卵白质被归为一组。此中Ko编号为KEGG中的基因标识符，差异物种间肖似的基因Ko号雷同。通道图的框填充浅紫色，框只链接对应的基因。

　　5. Pathway。该基因首要参加的通道，点击链接即可进入简直通道图谱页面。

　　6.Network。该数据库针对人，除了供给了基因的效用和互相效率以外，还把基因的变异音讯包蕴进来，更进一步与疾病合系联。network数据库从pathway数据库延长而来，正在pathway 的基本上，将基因的变异音讯也囊括了进来，对付人类基因合系变异与疾病的推敲，供给了更为详尽的参考音讯乐鱼体育。network 数据库中的每条记载叫做network element, 以N Number 独一标识，内里记载的是基因之间的互相效率的汇集，因为network 来历于pathway 数据库，以是每条记载城市有对应的pathway音讯。

　　9. Brite。代谢通道及同源基因数据库，可检索酶和底物之间的干系，也能够盘查某种酶的同源基因。

　　囊括全基因组中的全盘卵白编码基因的氨基酸序列好似性的音讯，这些音讯是从KEGG中的GENES数据库策画取得的。该数据库能够盘查直系同源和旁系同源基因，还能够正在特地研讨染色体上身分确切性的境况下盘查守旧的基因簇。

　　以上即是KEGG的基础先容了。咱们正在先容良众数据库的工夫，时时看到说数据来自于KEGG等。以是有工夫用此外数据库，为什么不直接用原始数据库呢？